（一）办公室
　　组织协调局机关日常工作；负责局机关文电、信息、调研、督办、保密、机要、档案、信访、会务、资产、政务公开等工作；负责综合性文稿的起草工作；负责有关信息化建设管理工作；组织办理人大建议和政协提案工作；管理和协调局机关后勤行政及服务工作；负责社会治安综合治理工作。
　　（二）政策法规科  
　　贯彻执行有关交通运输工作的法律、法规、规章，拟订有关交通运输政策；承担有关规范性文件的合法性审核工作；承担相关交通运输行政执法的组织协调和监督工作；承办政策调研、行政复议、应诉、听证等工作；组织指导交通行业体制改革；承担超限超载检测站点的设置审核、上报工作；承办执法培训、执法证件申领以及执法服装管理工作。
　　（三）规划基建科
　　负责交通行业发展战略研究，组织编制全市综合运输体系规划，承担有关协调工作；拟订交通运输行业规划、计划并组织实施； 参与拟订现代物流业发展战略和规划； 负责综合分析、预测行业经济运行情况，引导行业优化结构、协调发展；承担有关环境保护、利用外资、行业统计工作；负责公路、水路建设市场监管工作；贯彻执行公路、水路工程建设相关制度和标准并监督实施；组织协调交通重点工程建设和质量监督管理工作；承担公路、水路重点工程设计的监督管理、施工许可、竣工验收工作；指导公路、水路基础设施管理和维护工作。
　　（四）运输管理科
　　负责公路、 水路运输市场监管的协调指导工作；指导城市客运交通管理工作，执行国家相关制度、标准并监督实施；负责道路运输相关行政许可（审批）事项；协调道路、水路运输及城市客运与其他运输方式的衔接；承担现代物流业发展的有关工作；承担组织协调国家重点物资、紧急客货运输和节日运输的有关工作。
　　（五）财务科  
　　贯彻执行公路、水路规费征收政策和办法并监督实施；承担行业投融资的有关工作；承担公路通行费收费站点设置及公路通行费、内河船闸收费标准的审核上报工作；负责编制市级交通运输部门财政预算；承担交通专项资金、预决算、政府采购、外汇、信贷有关工作；承担受委托管理和政府投资形成的有关国有资产监管工作；指导局直属单位财务和国有资产管理工作。
　　（六）人事科
　　负责局机关和直属单位的人事管理、机构编制、离退休干部、计划生育等工作；指导交通运输行业人才队伍建设工作；负责实施交通运输行业职业资格制度的有关工作；承担局机关和直属单位有关外事工作。
　　（七）科技科
　　贯彻执行公路、水路行业科技政策并监督实施，组织行业科技开发，推动技术进步；组织协调有关重大科研项目研究；承担有关标准、质量和计量工作；指导公路、水路行业节能减排工作；指导行业教育、培训工作，指导行业精神文明建设，负责局机关和本行业的宣传工作。
　　（八）安全监督科
　　拟订公路、水路安全生产政策、办法和应急预案并监督实施；指导有关安全生产和应急处置体系建设；承担有关公路、水路运输企业安全生产监管工作；组织或参与处理有关事故调查工作，指导公路、水路工程建设和维护的安全生产工作。
　　机关党委 负责局机关和直属单位的党群工作，日常工作由人事科承担。